서력 5012년, 외계인과 그들이 만든 기계 생명체의 침략으로 인류는 괴멸의 위기에 처하게 된다. 달로 도망간 인류는 지구를 탈환하기 위해 안드로이드 병사들을 이용한 반격 작전을 개시한다. 그러나 무한히 증식하는 기계 생명체로 인해 싸움은 교착 상태에 빠진다. 이에 인류는 신형 안드로이드 '요르하 부대'를 파견한다. 서력 11945년, 요르하 부대의 '2B'와 '9S'는 기계 생명체의 기간 유닛 '아담'과 '이브'를 격파한다. 인류군은 이를 기회로 총공격을 감행하기로 결단한다. 이것은 운명에 농락당하는 안드로이드들의 싸움과 소원에 대한 기록이다.
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