2차 네오 지온 전쟁(샤아의 반란)이 끝나고 12년이 지난 U.C.0105. 인류와 우주세기의 미래를 보여 주는 듯했던 ‘액시즈 쇼크’를 거치면서도 세계는 여전히 혼란스러운 상태였고, 간헐적으로 군사 충돌이 발생하고 있었다. 지구 연방 정부의 부패도 더욱 심화됐고, 상류층은 지구의 오염을 가속화시켰을 뿐 아니라, 강제로 민간인을 우주로 끌고가는 비인도적인 정책 '인간 사냥'을 벌이고 있었다. '마프티 나비유 에린'이라는 인물이 이끄는 반지구 연방정부 조직 '마프티'가 그런 지구권의 부패에 들고 일어났다. 그들은 지구 연방 고위 관리들을 차례로 암살하는 가혹한 테러를 벌였지만, 연방 정부에 대한 반발이 심해져 가는 민중들에게는 어느 정도 지지를 받고 있었다. 그 ‘마프티’를 자칭하며 조직을 지휘하는 인물은 한때 일년 전쟁에도 참가했던 지구 연방군사관 브라이트 노아의 아들로, 샤아의 반란 진압에도 참여했던 하사웨이 노아였다. 아무로 레이, 샤아 아즈나블의 이념과 이상을 잘 아는 그는 두 사람의 뒤를 잇는 전사로서, 무력으로 인한 저항으로 길을 개척해 나갈 계획이었다. 하지만 연방군 대령 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀, 기기 안달루시아와의 만남이 그의 운명을 크게 바꿔 놓는다.