소년 이카리 신지는 아버지 이카리 겐도의 부탁을 듣고 제3신동경시, 네르프에 오게 되지만 그는 아버지로부터 대뜸 수수께끼의 거대병기 에반게리온에 타고 수수께끼의 적 사도와 싸우라는 얘기를 듣게 된다. 처음엔 거절하던 신지지만 중상을 입고 괴로워하는 소녀 아야나미 레이를 보고 에바에 타기로 결심한다. 이후 신지는 카츠라기 미사토와 함께 살게되며 잠시의 즐거움을 얻지만 에바를 타고 싸우는 것에 대한 두려움, 친구들과의 관계 악화, 소녀 아야나미와의 관계 등으로 고민하며 점차 어두워져 간다. 한편 난공불락의 전략으로 무장한 사도 제6사도의 등장으로 위기에 처한 네르프는 미사토의 제안으로 전략자위대의 포지트론 라이플을 이용한 야시마 작전이라는 무모한 작전을 시도하게 되는데...
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[극장판]에반게리온 신극장판：서
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