닌자(忍)란, 아주 먼 옛날 전국시대에 존재했던 그림자(影)의 존재다. 사람들 속에 숨어 탐색하고, 선동하며, 속이고, 파괴하고, 그리고 살인하는— 모든 어둠의 일을 맡아 하던 그림자 같은 존재였다. 언젠가 사람들의 마음에서 사라져 동화 속 이야기처럼 전해지게 된 이 그림자(翳)의 존재. 그러나 그들이 사람들의 기억 속에서 사라진다 해도, 인간의 업은 변하지 않는다. 여전히 어둠의 세계에 사는 자들은 필요로 되고 있다. 닌자는 지금도 존재하는 것이다. 현대의 닌자 고용주는 정치인이나 대기업 간부들이다. 강대한 권력을 가진 이들 중에는 닌자를 자신의 욕망을 채우는 도구로 여기는 자도 있다. 그러한 어둠에 움직이는 ‘악닌’에 맞서기 위해 정부는 비밀 프로젝트를 시작했다. ‘선닌’이라 불리는 국가 소속 닌자를 육성하는 비밀 프로젝트이다. 그리고 ‘선닌’을 키우기 위해 만들어진 기관이 ‘내각 특무 첩보부 첩보과 소속 특수 비밀 첩보원 양성소’— 통칭, 닌자학과이다. 학생 수 1,000명을 자랑하는 명문 매머드 진학 고등학교 ‘국립 한조 학원’의 알려지지 않은 이면. 이 이야기는 악과 싸우는 ‘선닌’이 되기 위해 청춘을 바친 국립 한조 학원 닌자학과에 재학 중인 다섯 소녀들의 사랑과 용기의 궤적이다.