먼 미래, ‘디아바(Deava)’라는 조직이 인류를 위협하는 존재, ‘섀도 엔젤(Shadow Angels)’과의 전투를 벌이게 된다. 섀도 엔젤은 1만 2천 년 이상 살아남은 고대 생명체로, 오직 인류의 파괴만을 목적으로 존재하고 있었다. 아폴로는 겉보기에는 평범한 인간 소년이지만, 사실 그는 타락천사 아폴로니우스(Apollonius)의 환생이었다. 과거 아폴로니우스는 섀도 엔젤 ‘토우마(Touma)’와 싸우며 지구의 멸망을 막기 위해 동료들과 함께 싸웠다. 그리고 다시 깨어난 위협 속에서, 아폴로는 운명에 이끌리듯 전생의 기억과 힘을 바탕으로 지구를 구하기 위한 전투에 뛰어들게 된다.
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