가까운 미래, 도쿄. 그곳에는 ‘최강의 무기’를 손에 넣으려는 두 개의 거대 조직이 존재한다. 최강 병기의 개발을 노리는 ‘도우지 중공’, 유전자 조작을 통해 우수한 인간을 만들려는 ‘NSWF’. 이들이 노리는 것은, 선택받은 여성(자)만이 손에 넣을 수 있으며, **압도적인 힘을 지닌 궁극의 무기 ‘위치블레이드’**와 그 힘을 자유자재로 다룰 수 있는 능력. 대지진 발생 후 6년이 지난 도쿄. 그곳에 한 쌍의 모녀가 모습을 드러낸다. 아마하 마사네 — 그리고 그녀의 딸 리호코. 함께 살아가는 것을 꿈꾸며 아동복지청의 시설을 몰래 빠져나온 두 사람. 하지만, 그들을 기다리고 있던 것은 ‘위치블레이드’를 둘러싼 어둠의 세력과 피할 수 없는 가혹한 운명이었다...