시기는 1582년, 장소는 혼노지. 아케치 미츠히데의 반란이 일어난 그 순간, 오다 노부나는 불길에 휩싸인 채, 가면토기(土偶)와 닮은 정체불명의 생명체와 조우한다. 시간이 흘러 현대. 수학여행으로 대만에 온 여고생 오구라 시오. 밀리터리를 좋아하지만 사람들과 어울리기 힘든 그녀는 반에서 조금 떠 있는 존재다. 그녀가 갑자기 나타난 거대한 괴수 ‘진화 침략체’의 습격을 맞닥뜨린다. 도망치는 사람들 사이에서, 시오는 E 유전자 홀더 ‘찢는 자 잭’이 싸우는 모습을 목격한다. 최첨단 전투기와 전차조차 상대할 수 없는 진화 침략체를 몰아붙이는 찢는 자 잭. 그러나 잭은 허점을 노출해 위기에 빠지고, 이제는 속수무책이라 생각되던 그 순간, 시오 안에 잠들어 있던 오다 노부나의 E 유전자가 깨어난다.
