어느 날, 한 도시가 소멸했다―― 고독한 배달부 남성 타쿠야와, 소멸로부터 유일하게 살아돌아왔다고 전해지는 소녀 유키. 두 사람은, 소식이 끊어졌다고 알려진 유키의 아버지로부터 전해진 메세지를 믿고 소멸도시로 향하게 되었다. 그러나, 그런 두 사람 앞에 생각지도 못한 방해가 들어온다. 그것은 유키에게 있어 매우 충격적인 현실이었고―― 남겨진 사람들의 생각, 암약하는 수수께끼의 조직, 그리고 숨겨진 음모. 타쿠야와 유키, 완전히 남남이었던 두 사람은, 여행 속에서 인연을 쌓아가며 소멸도시의 수수께끼에 다가선다.
