2031년, 차세대 에너지로 개발되던 양자 리액터의 폭주 사고, 일명 **‘상룡 크라이시스(翔龍クライシス)’**로 인해 세계는 완전히 바뀌어 버렸다. 갑작스레 지하에서 뻗어나온 빛은 도시의 빌딩 숲을 집어삼키며 대지를 뒤덮었고, 그 결과 생물, 기계, 식물을 초월해 융합된 정체불명의 특이 진화 생물, **B.R.A.I(브라이)**가 출현하게 된다. 그리고 7년 후, 상룡은 절대 방어 도시 **‘네오 상룡’**으로 다시 태어났다. 브라이의 엄청난 진화 속도에 인류는 멸망 위기에 처하게 되고, 이에 맞서기 위한 인류 최후의 희망, 바로 **‘네오 상룡’**이 인류의 마지막 보루가 된 것이다. 운명에 이끌려 네오 상룡에 모여든 레온, 클로에, 퀴니, 더그. 그들을 방위군으로 받아들이는 세실, 케인, 제이, 글렌. 그리고, **인류의 존망을 걸고 싸우는 특수 부대 ‘판도라(PANDORA)’**가 탄생한다. 계약의 순간, 희망은 그들에게 맡겨졌다――