서기 2025년── 갑자기 출현한 미지의 위협 「기교(機巧)」는 인류에 대한 공격을 전개했고, 많은 도시가 꼼짝없이 파괴되었다. 궁지에 처한 인류였지만, 일본에서 기교의 잔해가 발견된 것을 계기로 설립된 「도쿄 기교 연구소」(동기연)를 거점으로 기교 병기 이용 연구가 진행되어 간다. 독을 독으로써 제어할 수 있도록 기교를 가지고 기교에 대항하고자 하는 방책은 인류에게 남겨진 유일한 희망이었다. 그리고 9년 후. 발견된 잔해를 실마리로 개발된 주력 기교 「뭇츠(むっつ)」의 실전 투입이 가까워지고 있었다. 「뭇츠」 탑승 파일럿의 후보생으로서 선택된 소년 사가미 린(佐神凛)과 소녀 미도 유즈루(御堂結絃)는, 인류의 미래라는 너무나 큰 희망을 짊어지면서 부과된 임무에 과감하게 직면해 간다. 하지만, 두 사람을 기다리고 있던 것은 너무나도 가혹한 운명이었다.