세계 곳곳에 돌연, 블랙포인트라 불리는 이차원과 연결된 문이 나타났다. 통칭 ‘젝스’라 불리는 이형의 괴물이 출현해 인류 침공을 시작한다. 여기서부터 젝스와 인류의 불타는 싸움이 시작된다. 수년 후, 싸움은 소강 상태에 접어들고 지구에는 잠시 평화가 찾아온다. 그 와중, 주인공인 남성 청년 텐노지 아스카는 일본 고베에서 평범한 고교 생활을 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 거리에 나타난 수수께끼의 소녀에게서 카드 디바이스를 받게 된 후 그의 운명은 완전히 바뀐다.
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