038년, 가속되는 지구온난화로 전 세계가 저지대 및 해안가 수몰에 의한 재앙을 겪게 되었다. 그리고 그에 호응하듯 '안개의 함대'라 불리는 정체/소속 일체 불명의 유령함대가 세계 각지의 근해에 나타나, 인류의 해군력을 간단히 분쇄하고 바다로부터 축출해 버린다. 이 '안개의 함대'의 특징은 구성 함정들이 하나같이 2차 대전 시 사용된 구식 함선(특히 구 일본해군함)의 모습을 하고 있으나 에너지 실드, 레이저포, 중력포 등 인류를 아득히 능가하는 기술력으로 무장했다는 점이다. 이후 인류는 어떻게든 반격을 시도했으나 번번히 참패를 거듭한다. 그러던 중 일본 통제군 중령(중좌) '치하야 쇼조'가 '안개'의 잠수항모인 I-401을 나포하는 데 성공, 드디어 반격의 실마리가 잡힌다. 그리고 쇼조 중령이 401을 운용하여 안개를 공격하는 작전이 입안되었으나, 어찌된 일인지 작전 개시 직전 연락이 두절되고 곧 승조원이 모두 사라진 채 표류하던 401이 발견된다. 일본 정부는 이를 회수하여 봉인해 버리고 치하야 쇼조가 인류를 배신하고 안개 측에 전향했다는 잠정 결론을 내린다. 세월이 지난 후, 쇼조의 아들이자 해양종합학교 생도였던 주인공 '치하야 군조' 앞에 봉인되었던 401이 나타난다. 학교의 동기들과 함께 401에 오른 군조는 401이 지닌 초과학의 힘을 이용해 안개의 함대에 맞서 싸우기 시작하는데...