먼 옛날의 아쿠에리온의 격전으로부터 1만 2천년 후. 차원 게이트를 넘어 '다른 차원'으로부터 유괴자(アブダクター, abductor)가 인간을 납치하여, 인간들은 그 습격을 두려워하며 살아가고 있었다. 이에 대항할 수 있는 것은 '아쿠에리아'라고 불리는 합체병기뿐. 이를 구성하는 3기의 벡터 머신에 탑승하는 이들은 학원 '네오 DEAVA'에 모인 젊은 엘리먼트 후보생들이다. 그러나 학원 안에서는 남녀간의 연애를 막기 위해 격벽이 설치되어 있을 뿐 아니라, 남녀간의 합체 역시 엄격히 금지되어 있다. 어느 날, 엘리먼트 능력을 숨긴 채 고독하게 살아왔던 소년 '아마타'는 무의식적으로 소리쳤다. 오래토록 금지되었던 그 말을…. 그 진정한 모습이 분명히 드러난 순간, 적과 아군의 모든 것이 변화하기 시작한다. 연애 금지, 남녀 합체 금지의 상황 속에서 《끝을 품은 신화》가 이 순간 여기에서 움직이기 시작한다.