선택받은 사람의 마음에 자라는 기적의 꽃봉오리 '토이즈'. 이것을 지닌 이는 괴력을 구사하거나 기계를 움직이는 등 특별한 능력을 가지게 된다. 사람들은 그것을 지닌 이의 마음에 따라 그들을 탐정과 괴도로 부르는데, 홈즈 탐정학원의 우수한 팀이었던 ‘밀키 홈즈’는 어느 날 괴도를 쫓는 작전을 수행하던 도중 이 토이즈의 힘을 잃어버리고 학원의 구제불능이 되어버리고 만다. 이들을 지켜보던 학생회장 앙리에트는 그들의 적성시험을 보게 하고, 토이즈의 힘을 잃어버린 밀키 홈즈는 적성시험에서 떨어지고 만다. 학생회장은 그들이 토이즈의 힘을 되찾도록 3개월의 기간을 주고, 이 기간 동안 힘을 되찾지 못하면 퇴학시키겠다고 하는데... 대 탐정시대! 밀키 홈즈는 토이즈의 힘을 되찾을 수 있을까?