‘균’이 육안으로 보이는 신비한 체질의 주인공, 사와키 소에몬 나오. 농대에 입학한 그를 기다리고 있던 것은, 동료들과 함께하는 파란만장한 학생 생활이었다! 나오의 어린 시절 친구이자 주조업자 아들인 유키죠, 본디지 패션을 즐기는 대학원생 나가타니 하루카, 그리고 발효식품 권위자이자 수수께끼 투성이인 교수, 키케조우. 그 외 개성 넘치는 사람들과 펼쳐지는 나오의 농대 생활. 입학부터 봄 축제, 그리고 ‘균이 보이지 않게 되는’ 사고를 극복하며, 서로의 유대를 점점 깊게 해 나간다. 고스로리 패션을 입고 돌아온 유키죠를 맞이하며, 이번에는 과연 어떤 대학 생활이 기다리고 있을 것인가!