「모두의 마음에 꽃을 피웁니다 하트캐치 프리큐어 등장!」 츠보미는 꽃과 식물을 매우 좋아하는 중학교 2학년 여자아이입니다. 어느 날 츠보미는 신기한 꿈을 꾸었어요. 큰 나무에 피는 아름다운 꽃입니다. 하지만 금세 모든 꽃이 떨어져 버려요. 그리고 거기서부터 요정이 날아오릅니다……. 그로부터 며칠 후 메이도학원으로 전학을 간 츠보미 앞에, 꿈에서나 보던 요정이 나타났어요! 요정은 츠보미에게, 전설의 전사 프리큐어가 되어, 마음의 아름드리나무를 지켜! 모두의 마음의 꽃을 피워! 라고 부탁합니다. 자기에게 그런 건 억지로 거절하는 츠보미예요. 하지만, 돌연 수수께끼의 적이 덮쳐와, 새로운 클래스메이트·쿠루미 에리카의 "마음의 꽃"을 빼앗아 버립니다. 에리카의 마음을 구하려면 프리큐어가 되어 싸우는 수밖에 없어요! 츠보미는 용기를 내어 프리큐어로 변신합니다!