어느 날, "내버려 둘 수 없어!"가 입버릇인 범상치 않은 중학교 1학년생 쿠도 타이키(工藤タイキ) 앞으로 누군가의 메시지와 함께 수수께끼의 아이템이 도착한다. 그것은 디지털 생명체, 속칭 **'디지몬'**에게 강대한 힘을 부여하는 디지바이스 '크로스로더'. 타이키는 선택받은 **'제너럴'**이 되어 친구들과 함께 이세계 **'디지털 월드'**로 향한다. 타이키와 친구들은 디지몬 군단을 결성하고, **'디지크로스'**로 협력하여 적 디지몬과 라이벌에게 맞선다. 이내 디지털 월드의 운명이 걸린 대전쟁의 막이 오르고, 감춰져 있던 비밀이 서서히 드러나기 시작하는데….