전세계적으로도 유례가 드문 레벨 7의 엄청난 초능력자들인 아카시 카오루, 노가미 아오이, 산노미야 시호의 3인방은 초등학교를 졸업하고 어엿한 중학생으로 자라 있었다. 학업을 받으면서 동시에 ‘더 칠드런’의 멤버로서 각종 초능력 관련 사건에 투입되는 것은 이전과 별로 다를 바 없지만, 몸도 마음도 성장한 만큼 조금은 어른스러운 분위기가 느껴지기도 한다. 그러던 어느 날, 미나모토가 BABEL을 습격하는 전대미문의 사건이 발생하게 된다. 자신을 ‘다크니스 나이트’라 칭하며 BABEL의 동료들과 카오루를 아무렇지 않게 공격해 오는 미나모토를 보며 모두들 당황하지만, 이 모든 사건의 뒷편에는 미나모토를 세뇌시킨 팬텀 도터가 자리하고 있었는데…