1930/40년대 지구. 네우로이라는 외계 생명체가 지구를 공격하는 상황. 이들의 광선 무기에 인간들은 고전을 면치 못하고 있다. 어느 날, 미야후지 이치로 박사는 ‘미야후지 이론’을 통해 혁신적인 스트라이커 유닛을 개발한다. 이 스트라이커 유닛을 착용하고 싸우는 소녀들이 있었으니… 그들은 **‘위치’**라고 불리는 소녀들! 위치들은 소녀 때 마력이 나타나며, 보통 20세를 넘기면 사라지기 때문에 대부분 소녀들로 구성되어 있다. 소녀들은 훈련을 받고, 스트라이커 유닛을 이용해 하늘을 날며 네우로이와 싸운다. 이들의 마력을 통해 스트라이커 유닛이 동작되고, 네우로이의 광선을 막을 수 있다. 위치로 스카우트되어 자신의 사명을 깨닫고 전투에 참여한 후소왕국의 미야후지 요시카. 그녀는 갈리아의 해방 이후 501 통합전투항공단 해산과 함께 전역을 한다. 다시 집으로 돌아온 그녀는 학교를 졸업하고 진료소를 이어가는 평범한 생활을 하려 했지만, 어느 날 한 통의 편지를 받은 후 긴급한 상황이 생겼다는 것을 알게 된다. 요시카는 이 상황에 다시 참여하려고 하는데…