샤로, 네로, 엘리, 코델리아 네 명은 트로이츠와 뛰어난 팀워크로 수많은 사건을 해결해 온 ‘홈즈 탐정 학원’의 인기 멤버였다. 그녀들, ‘밀키 홈즈’는 학생들뿐만 아니라 탐정 도시 요코하마의 시민들 사이에서도 동경의 대상이었다. 그러나 어느 폭풍우 치는 밤, 숙적 ‘괴도 제국’과의 배틀 도중 ‘밀키 홈즈’ 네 명은 각각 자신의 트로이츠를 잃고, 그들의 운명은 급격히 변하게 된다...