“매직큐브가 또 다시 깨어났다..” Z를 무찌르고 세계를 구해낸 세미는 수학마법학교에서 수학 마법을 배운다. 하지만 세미는 수학마법으로 사고만 친다. 어둠의 마법으로 인해 폭주했던 X의 오른팔엔 그로 인해 생긴 흉터만 남아있고 기억을 잃어버리는데.. X는 잃어버린 기억을 찾기 위해 노력을 하지만 뜻대로 되진 않고.. 한편 Y는 사라진 흑돌을 찾기 위해 정보를 얻으러 다닌다. 그러던 어느 날 홍고하 세계에 문제가 생겼는지 홍고하는 점점 투명해지고 잠든 줄 알았던 매직큐브가 다시 깨어난다. 매직큐브가 깨어났다는 것은 어둠의 마법이 깨어났다는 것. 세미 일행은 다시 한번 시간 여행을 떠나게 되는데..