모리 탐정사무소 앞으로 갑자기 걸려온 협박전화. 그리고, 모리 코고로의 눈앞에서 길 위에 있는 자동차가 폭발한다! 푸른 소년과 푸른 얼룩말, 위에서 내리는 비, 밑에 있는 사람이 왼손으로 그대로 가리키는 것은 왼쪽의 나무. 범인으로부터의 도전장 = 수수께끼의 암호를 해독하지 않으면, 다음 폭파는 멈출 수 없다. 모리 일행은 베이커 시내를 계속 조사하지만, 암호에 농락당해 단서는 전혀 알아내지 못한다. 한편, 그때 에도가와 코난은 아가사 히로시, 소년 탐정단 일행과 함께 경기장에서 축구 경기를 보는 중이었다. 라이벌인 감바 오사카를 상대로 대활약하는 도쿄 스피리츠. 시합도 하이라이트에 접어든 때, 모리 란이 암호에 대해 상의하려고 쿠도 신이치에게 전화해 코난도 상황을 알게 된다. 그 장소에서 코난은 혼자서 암호 해독을 시작하고, 누구도 멈출 수 없는 무시무시한 진실을 알게 되는데! 지금, 서서히 다가오는 「그 때」…… 과연, 사건을 해결하는 것은 누구인가!?