일찍이 지구 침략에 온 마론인의 후예·메루 왕자와 종자 마루. 긴 세월 사이에 단둘이 되어 버린 메루와 마루는 프린세스를 맞이해 자신들의 세계를 다시 세우겠다고 결의한다. 메루와 마루는 고향인 마론별과 마찬가지로 지구를 통째로 바다로 바꾸려 하고 있었다. 그들이 프린세스 후보로 선택한 것은 히나타가의 장녀 나츠미! 심해의 왕국에 납치된 나츠미를 구하기 위해 케로로들은 나츠미 구출 대작전을 계획한다. 그런데 정작 중요한 나츠미는 자신의 존재를 필요로 하는 기쁨과 공주 생활의 즐거움을 만끽하고 있었다. 과연 케로로 소대는 무사히 나츠미를 구출하고 지구를 지킬 수 있을까?