할로윈 시즌으로 떠들썩한 도쿄 시부야. 시부야 히카리역에서 한 결혼식이 거행되고 있었다. 그곳에는 웨딩드레스를 입은 경시청의 사토 형사의 신부 모습이. 초대 손님으로 참석한 코난 일행이 이를 지켜보던 중, 돌연 난입한 폭력배가 들이닥치고, 이를 막으려던 타카기 형사가 부상을 입고 만다. 타카기는 목숨을 건지고 사태는 수습되지만, 사토 형사의 눈동자에는 3년 전 연속 폭파 사건에서 마음에 담아두었던 마츠다 형사가 순직했을 당시의 저승사자 이미지가 타카기에게 겹쳐 보이고 있었다. 같은 시각, 3년 전 연속 폭파 사건의 범인이 탈옥. 이 모든 것이 과연 우연일까? 공안 경찰 후루야 레이(= 아무로 토오루)는 동기였던 마츠다 형사를 죽게 만든 범인을 궁지에 몰아넣지만, 그곳에 나타난 정체불명의 변장 인물에 의해 목에 폭탄 목걸이가 채워지고 만다. 목걸이 폭탄을 해제하기 위해 아무로가 잠복하던 지하 쉘터를 찾은 코난. 그는 3년 전, 이미 세상을 떠난 경찰학교 시절 동기들, 그리고 정체불명의 위장 폭탄범 「플라먀」와 시부야에서 벌어진 사건 이야기를 듣게 된다. 그리고, 수사를 이어가는 코난 일행을 노리는 불안한 그림자가 드리운다—.