안개함대의 총기함인 초전함 야마토와 자매함선이자 부총기함인 초전함 무사시. 어느 날, 무사시는 야마토를 격침시키고 홀로 어드미럴티 코드의 대변자임을 표명한다. 그리고 I-401의 함장인 군조의 아버지, 치하야 쇼죠를 앞세워 인류에게 무조건 항복을 권고한다. 군조는 아버지가 인류를 배신한 것에 동요하지만, 이오나의 격려에 힘입어 총기함 무사시와의 접촉을 시도하기 위해 이동한다. 하지만 그 과정에서 안개학생회의 강력한 공격을 받는다. I-401은 간신히 적들을 무찌르지만, 교전 중 입은 손상으로 인해 이오나는 자가 회복이 불가능한 부상을 입게 되는데…