거대한 지하 도시로부터 시작된 전설, 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작! 어느 날, 소녀 아스나는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 다시 그 음악을 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에, 이 세상에는 없는 괴물에게 습격을 받게 되고, 슌이라는 소년이 나타나 아스나를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 슌에게 두근거리는 감정을 갖게 된 아스나는 이튿날 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만, 슌은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 아스나는 신임 교사 모리사키로부터 지하세계의 신화에 대해 듣게 되고, 그것이 슌과 관련이 있음을 직감한다. 슌과 꼭 닮은 신과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격전에 휘말리게 된 아스나는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고, 아크엔젤의 요원이 바로 신임 교사 모리사키임을 알고 놀라게 된다! 소년 신은 아스나를 뒤로 하고 지하세계로 자취를 감추고, 아스나는 모리사키에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데…! 과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!