아버지에게 버림받고, 집에서 쫓겨나 나나지마로 오게 된 고등학생 「야마 쥬고」는 혼자 살게 된 방에서 지박령 「류가죠 나나나」를 만나게 된다. 쥬고는 10년 전 누군가에게 살해당한 나나나를 성불시키기 위해, 범인을 찾기로 결심한다. 한때 나나나가 세계 각지에서 수집하고, 지금은 섬 곳곳의 「유적」에 숨겨져 있는 『나나나 컬렉션』. 이 불가사의한 힘을 지닌 보물을 사용하면, 나나나를 죽인 범인을 찾아낼 수 있다. 쥬고는 나나나 컬렉션을 손에 넣기 위해 모험부에 입부하게 된다. 하지만, 나나나 컬렉션을 노리는 수상하고 괴팍한 플레이어들의 음모가 조용히 움직이고 있었는데──