입시에 합격해서, 아이나 린과 같은 대학에 다니게 된 카도데와 오우란. 대학에서는 타케모토 후타바, 타이누마 마코토와 의기투합, 회장인 오지로 선배가 있는 오컬트 연구회에 입부해 캠퍼스 라이프가 시작되었다. 한편, 우주로부터의 〈침략자〉는 도쿄의 여기저기에서 목격되어, 자위대는 무자비한 구제 활동을 조용히 실행하고 있었다. 상공에는 기울어 연기가 피어오르는 모함. 정부 전복을 노리고 〈침략자〉 사냥을 계속하는 과격파 그룹・청공투의 암약. 세상의 끝을 향한 카운트다운이 새겨진 가운데, 오우란은 또다시 그 이상한 소년 오바와 조우한다.