“기억해봐, 날개가 있었던 시절을” 1만 2천 년 전의 마음에 응답하여, 연결된 것은 결여된 마음. 태양과 달과 화성이 만날 때, 새로운 합체의 선율이 흐른다――! 쇼난의 바다에 떠 있는 작은 섬, 강의 섬. 아름답고 화창한 그 해변에는 〈사립 에노시마 학원〉이 있다. 학교에서는 전국에서 우수한 아이들을 모아 최신 기기를 이용한 영재교육이 이루어지고 있었다. 특수 강화반의 학생인 삿코, 리미야, 토시는 감정의 힘으로 움직이는 전투기 〈벡터 머신〉의 조종을 맡게 되고, 수수께끼의 침략 병기 〈신화수〉와 싸울 수밖에 없는 운명에 처한다. 싸움 중, 불가사의한 비전에 이끌려 삿코는 외친다――. “상성합체! GO, 아쿠에리온!” 반복되는 윤회 끝에 나타난 기계천사 아쿠에리온. 숙명을 짊어진 소년 소녀들은, 정체를 알 수 없는 단체 〈우주 알의 모임〉과 어른들의 엇갈리는 기대 속에서 이 우주의 진실과 마주해 간다…… 이것은, 자신의 감정과 우주의 존망을 걸고 성립되는 장대한 사랑의 신화이다.