모노노케・카라카사와의 장렬한 싸움으로부터 얼마 지나지 않아, 다시 오오쿠에 나타난 약장수(카미야 히로시). 오오쿠에서는, 앞전의 사건의 여파로 변화가 생기고 있었다. 시녀장이었던 우타야마의 후임이 된 명가 출신의 오오토모 보탄(토마츠 하루카)는 규율과 균형을 중시해 엄격한 관리를 한다. 그 결과, 천자의 총애를 한 몸에 받는 평민 출신의 첩・후키(히카사 요코)와의 사이에 균열이 생겨, 두 사람의 사이는 점점 악화된다. 한편, 천자의 정실인 미다이도코로 유키코가 낳은 아기의 후견인 선정이 진행되는 가운데, 후키에게 상황을 일변시키는 큰 사건이 찾아온다. 그 결과, 보탄의 아버지 오오토모 로쥬에 의해 쫓겨난 남자들의 책모가 후키에게 다가오게 되고, 뒤엉키는 의도, 이윽고 폭주하는 “불끄기”의 책략…… 같은 시각, 갑자기 사람들이 불타올라 숯덩이가 되는 인체 발화 사건이 연속적으로 발생. 이를 모노노케의 소행이라 판단한 약장수는 사태를 수습하려 하지만, 신출귀몰한 괴이의 정체에 애를 먹는다. 모노노케를 베기 위해, 약장수는 세 가지를 밝혀내야 한다 — 【형태・내력・까닭】. 그는 오오쿠에 둥지를 틀고, 어둠 속으로 발을 들여놓는다.