예전에 이 나라에서는 닌자들 간에 큰 전투가 있었다. 살아남은 4개 클랜, 코우가, 이가, 후우마, 사이가는 거대한 힘을 지닌 ‘크립토 그림첩’을 소유하며 균형을 유지했다. 시간이 흘러 현대, 무대는 코우가 닌자가 사는 코우가 시티. 귀도중의 음모를 막은 사쿠야, 네무, 샤오란은 시노비마트에서 아르바이트하며 평화로운 나날을 보낸다. 그러나 갑작스런 수상한 손님이 찾아오고, 충격적인 진실이 드러난다. 새로운 위협에 사쿠야 일행이 맞서 싸운다!