짱구가 사는 떡잎마을에서는 새로운 마을 회장 나자연을 중심으로 환경보호운동이 왕성하게 펼쳐진다. 어느 날, 짱구는 떡잎유치원의 야외수업으로 지역 청소활동에 참가한다. 그리고 강가에서 발견한 이상한 가방 안에 있던 초록색 음료를 가지고 집으로 돌아온다. 그날 밤, 짱구의 아빠와 엄마가 그 음료를 마시고, 다음날 두 사람은 서서히 동물 같은 행동을 한다. 결국 아빠는 닭, 엄마는 표범으로 변신한다. 깜짝 놀라는 짱구 가족 앞에 ‘분리’란 남자가 이끄는 정체 모를 집단이 나타나 짱구 가족들을 잡아간다. 그 와중에 짱구 앞에는 ‘빅토리아’라는 여성도 나타나 나자연의 정체를 알려준다. 나자연은 과격한 환경보호단체 단장으로, 인간을 동물로 만들어 환경파괴를 저지할 계획을 추진 중이다. 짱구의 엄마와 아빠가 마신 것은 인간을 동물로 바꾸는 음료이며, 그 음료를 마신 사람은 곧 자신이 인간이었던 사실조차 잊게 된다. 짱구는 엄마, 아빠를 구하기 위해 적의 본부로 침입하는데... 짱구는 과연 엄마와 아빠를 구하고 그들의 야망을 저지할 수 있을까?