화성에 이주한 인류와 지구 사이에 벌어진 전쟁으로부터 15년 후, 서력 2014년. 화성과 지구 간 평화 협상의 일환으로 지구를 방문한 화성의 황녀 아세이라무 바스 알류시아는 친선 퍼레이드 도중 테러리스트의 습격을 받아 생사가 불명해진다. 이 사건을 계기로 다시 한번 지구와 화성 간 전쟁이 시작된다. 밀려오는 화성 카타플라크트를 지구의 고등학생 카이즈카 이나호는 뛰어난 냉정함과 전략으로 동료들과 함께 격퇴해 나간다. 그 와중에 이나호는 신비로운 소녀와 만나게 되고, 한편 지구 출신으로 화성 기사단에 속한 소년 스레인 트로이야드는 아세이라무 암살 사건의 진상을 알게 되어 행동을 개시한다. 격렬해지는 전쟁 속에서, 평화를 바라는 화성의 황녀 아세이라무, 동료를 지키기 위해 싸우는 이나호, 아세이라무에게 충성을 맹세한 스레인, 세 소년소녀들의 바람은――. 그리고 지구와 화성 전쟁 종결 약 9개월 후, 이나호는 수용 시설에 있는 스레인과 다시 마주하게 된다.