사에바 료는 뒷세계에서 제일가는 실력을 가진 스위퍼 '시티헌터'다. 신주쿠를 거점으로 파트너인 마키무라 카오리와 다양한 의뢰를 받고 있다. 새로운 의뢰인은 영상 제작자 앤지. 그녀의 의뢰는... 도망친 고양이 찾기였다. 료는 앤지의 미모에, 카오리는 앤지가 제시한 고액 보수에 들뜬다. 경시청의 노가미 사에코는 우미보즈와 미키의 협력을 얻어 바이오 기업 졸틱사의 발명품에 대해 수사한다. 그것은 수수께끼 조직의 의뢰로 만들어진, 전쟁터 병사를 초인으로 만드는 어둠의 발명품이었다. 한때 료를 좀먹고, 파트너 마키무라 히데유키를 죽음으로 몰아넣은 『엔젤 더스트』의 최신형이었다. 고양이 찾기로 분주한 가운데 누군가 앤지의 목숨을 위협한다. 의뢰의 진의를 밝히지 않은 앤지는 영상 속 료를 보며 중얼거린다. 「이게 당신의 『최고 걸작』인가요?」 『엔젤 더스트』를 노리는 암살자들. 처절한 싸움에 휘말린 료 일행을 멀리서 지켜보는 남자. 그는 료의 양부 카이바라 신이었다―― 카이바라가 총구를 겨누자, 숙명의 대결이 시작된다!