지구 곳곳에 나타난 이상한 아치를 조사하기 위해 케로로 소대가 전 세계에 파견된다. 프랑스, 미국, 호주, 아프리카에 파견된 소대원들은 밤낮없이 아치 조사에 여념이 없는데. 한편, 프랑스로 떠난 타마마는 나라의 오랜 친구인 시온의 대저택에 머무는데, 부모님을 잃고 외롭게 지내는 미스터리한 친구, 시온은 모모카에게 곧 새로운 가족이 생길 거라며 의미심장한 말을 한다. 그날 밤 타마마가 사라지고 지구 곳곳에 파견된 소대원들도 하나 둘씩 사라진다. 이에 케로로와 후유키, 나츠미는 프랑스로 떠난다. 그리고 프랑스 상공에 도착하자마자 하늘정체불명의 드래곤과 맞딱뜨리는데... 과연 케로로 소대와 지구의 운명은 어떻게 될 것인가?