바다를 유린하는 수수께끼의 적, 「심해 서함」. 옛날 함선들의 혼을 가슴에 품고, 그 위협에 유일하게 맞설 수 있는 「함녀」들. 함녀들의 거점인 「진수부」의 존망을 걸고 양측이 격돌한 「MI 작전」에서는 특형 구축함 「후부키」의 활약도 있어 함녀들이 승리를 거두었으나, 그 치열한 전투 이후로 그녀들의 싸움은 더욱 격렬해졌다. MI 작전의 성공을 발판으로 진수부의 전력은 남쪽 해역으로 진출한다. 적 기지를 공략하며 전장을 조금씩 확대해 나가고 있었다. 그 가운데 새로운 전선 기지에 집결하여 다음 작전에 대비하는 함녀들. 전투를 거쳐 성장하고, 새로운 전력도 계속 합류해 작전을 성공으로 이끌며 기세가 오른 그녀들이었지만, 목표로 하는 해역에 중대한 이상 현상이 발생했음이 밝혀진다. 그리하여 함녀들을 기다리고 있는 것은――.