우주세기 0093년. 샤아 아즈나블은 신생 네오 지온군을 통솔하여 스스로 총수가 되어 지구연방 정부에 또다시 싸움을 걸어왔다. 샤아는 지구의 중력에 묶여 자기중심적인 지배를 계속하는 인류를 숙청하기 위해, 지구에 운석을 떨어뜨려 지구를 거주할 수 없는 별로 만들기 위한 작전을 전개한다. 그 폭거를 저지하기 위해 브라이트와 아무로가 소속된 지구연방군 론도 벨 부대가 출격하지만 소행성 5th 루나의 낙하를 막을 수는 없었다. 샤아는 다음 작전으로 과거 네오 지온의 본거지였던 액시즈의 탈환과 루나 II에 저장된 핵 미사일 탈취를 꾀한다. 그리고 위장 평화교섭을 위해 지구연방 정부와의 교섭 장소인 사이드 1의 콜로니 론데니온으로 향한다. 한편 아무로는 자신이 개발에 참가한 ν건담을 애너하임 공장에서 수령한 후 평화교섭이 이뤄지는 론데니온에 도착한다. 론데니온에서 연방정부 참모 차관의 딸 퀘스와, 브라이트의 아들 하사웨이를 만나고 휴식 중 우연히 평화교섭을 마친 샤아와 조우한다. 샤아의 말에 감화된 퀘스는 그와 함께 아무로 곁을 떠난다. 샤아는 론데니온에서 연방정부와 맺은 평화교섭을 이용해 무장해제를 위장하고 루나 II를 공격하며 액시즈를 강탈한다. 네오 지온 함대는 루나 II에 괴멸적 타격을 가하고 핵병기 탈취에 성공한다. 뒤이어 샤아 자신도 액시즈를 지키는 부대를 섬멸하며 목적대로 핵병기와 액시즈를 손에 넣는다. 제2의 운석으로 액시즈를 지구에 떨어뜨리려는 샤아. 그것을 저지하기 위해 행동을 개시하는 아무로와 브라이트가 이끄는 론도 벨 부대. 지구의 운명을 걸고, 두 사람의 뉴타입에 의한 최후의 싸움이 막을 연다!