2038년, 지구온난화에 따른 급격한 해수면 상승으로 몇몇 나라가 침수되기 시작한다. 그리고 이를 기다렸다는 듯이, 오버테크놀로지를 가진 구형 함선 모습을 한 ‘안개함대’라 불리는 정체불명의 함대가 등장한다. 이 안개함대는 막강한 화력으로 전 세계 해양 교통망과 공중 교통망을 장악하여, 바다를 통하는 인간의 모든 교역로를 끊어버린다. 이에 세계 경제는 붕괴 위기에 직면하고, 인간들도 총 전력을 투입해 반격에 나서지만 압도적인 힘 앞에 패배한다. 안개함대와의 최종 결전 이후 7년, 정치와 경제는 붕괴되고, 통신위성 및 해저상 통신 케이블 파괴, 그리고 안개함대의 방해 전파로 인해 통신도 봉쇄되어 각국은 고립되고 만다. 제독의 아들이자 해군 생도인 주인공 치하야 군조는 격납고 시찰 멤버로 뽑혀 나포된 안개함대 소속 함선인 ‘이-401’을 만나게 된다. 몇 년 동안 반응이 없던 ‘이-401’은 치하야 군조와 만나는 순간 기동하는데…