마법이 현실의 기술로 확립된 지 한 세기가 지난 세상. 국립 마법 대학 부속 제1고등학교, 통칭 '제1고'에 치명적 결함을 지닌 열등생 오빠, 타츠야와 모든 것이 완벽한 우등생 여동생, 미유키가 입학한다. 그들의 학교생활은 연이은 격동의 나날이었다. 정치 결사 《블랑슈》의 습격, 구교전에 개입한 《무두룡》의 그림자, 대아 연합군의 요코하마 침공, 인간의 정신을 변질시키는 마물 패러사이트의 출현, 그리고 USNA 군 마법사 부대 스타즈 총대장 안젤리나의 방문까지. 파란만장했던 1년이 끝나고, 2학년이 된 두 사람의 생활도 조금씩 변화한다. 요츠바 가문에서 파견된 사쿠라이 미나미가 타츠야 일행과 동거하게 되고, 타츠야는 신설된 마법 공학과, 통칭 《마공과》로 전과한다. 미유키와 함께 평온한 학원 생활을 보낼 예정이었지만, 세상은 그들을 가만히 두지 않는다. 세계의 질서를 뒤흔들 새로운 사건들이 그들을 기다린다!