올페우스 오더와의 싸움 이후, 진급해 고등학교 2학년이 된 카이트는 퍼즐의 스승 진카타 진의 잃어버린 기억을 되찾기 위해 영국에 와 있었다. 어린 시절 진과 만났던 교회를 방문하는 카이트 일행. 그곳에 한 소녀가 나타나 "보고 싶었어"라며 진에게 달려간다. 소녀의 이름을 부르는 진, '레이첼'. 두 사람은 알고 지내는 사이? ……그러나! 그 레이첼이 갑자기 카이트 일행에게 퍼즐 배틀을 걸어 온다! 같은 시각 √학원에서는 갬몬 일행이 에니그마라 자칭하는 남자로부터 퍼즐을 걸려 있었다……. 카이트와 동료들뿐만 아니라 루크와 프리셀까지 휘말려 다시 펼쳐지는 목숨을 건 퍼즐 배틀. 레이첼과 에니그마의 목적은 무엇인가? 과연 카이트는 진카타 진의 기억 속에 잠든 '파이 브레인'과 '신의 퍼즐'의 진실에 다가갈 수 있을까!?