학원 뱅가드!? 이 이야기의 주인공 사도 아이치는 가츠키 카무이, 도쿠라 미사키와 팀을 이루어 VF 아시아 서킷을 제패한 지 몇 달이 흘렀다. 중학생이었던 아이치는 이제 고등학생이 되어 있었다. 아이치가 다니는 학교는 우수한 학생들이 모이는 명문 미야지 학원 고등부. 뱅가드를 통해 친구가 된 모리카와 카츠미와 이자키 유우타는 다른 고등학교로 진학했고, 아이치는 외로운 환경 속에서 고등학교 생활을 시작한다. 처음엔 익숙하지 않은 환경에 혼란스러웠던 아이치였지만, 단골 카드샵 ‘카드 캐피탈’의 친구 카이 토시키와 미와 타이시의 조언을 받고, 학교 생활을 즐겁게 하기 위해 아이치는 뱅가드를 하는 동아리 ‘카드파이트부’를 만들기로 결심한다. 부활동을 통해 만나는 새로운 친구들과 라이벌들, 운동회, 문화제, 시험, 여름방학 등 고등학교라는 새로운 무대에서 아이치는 한 걸음씩 나아간다!