방위대 장관・시노미야 이사오의 판단으로 병기화 되는 것은 면했지만, 여전히 신병을 구속당한 상태인 히비노 카프카. 이동 명령이 내려온 제3부대의 신인들이 각자의 임무처로 향하는 가운데, 카프카의 앞에 나타난 것은 제1부대를 이끄는 방위대 최강의 남자・나루미 겐이었다. 대원으로서 카프카를 인정하지 않는 나루미에게 자신의 힘을 증명하기 위해 카프카는 「괴수 8호」의 강대한 힘과 마주하게 된다. 그러나 그 이면에서는 「괴수 9호」의 위협이 다가오고 있었다... 계승된 의지와 힘, 새로운 식별 괴수 병기 (넘버즈) 적합자의 탄생, 그리고 방위대를 덮치는 사상 최대의 위기가 찾아온다─.
