물에서 살아가고, 바다를 지키며, 바다를 항해한다―― 그것이 바로 블루 머메이드! 바다의 안전을 지키는 직업 ‘블루 머메이드’를 동경하여 요코스카 여자 해양학교에 입학한 미사키 아케노는 항해함 **하레카제(晴風)**의 함장으로 임명되고, 반 친구들과 함께 해양 실습에 참가하게 된다. 단순히 목적지까지 안전하게 항해하는 일정이었으나, 그들을 기다리고 있었던 것은 연이은 위기! 교관함의 갑작스러운 발포, 폭주하는 다른 학생 함선들과의 전투, 구조선의 인명 구조 활동 등, 수많은 시련을 간신히 극복한 그녀들은 무사히 육지로 돌아오게 되고, 그 과정을 통해 서로 간에 굳건한 유대를 다지게 된다. 그 사건으로부터 1개월 후. 테스트 휴가를 즐기던 하레카제 멤버들에게 새로운 위기가 닥친다. 그것은 바로 ‘하레카제 반’의 해체 위기! 충격에 빠진 멤버들은 다시 한 번 힘을 합쳐 반 해체를 막아내고, 그 과정 속에서 더욱 끈끈한 결속을 다지게 된다. 그리고 하레카제 반 해체 위기로부터 3개월 후―― 요코스카에서는 구레・마이즈루・사세보 등 전국의 여자 해양학교 학생들이 한자리에 모이는 **문화제 및 체육제 ‘경투유희회’**가 개최된다. 아케노와 하레카제 반 멤버들은 환영제 준비로 바쁜 나날을 보내고 있었으며, 야마토・시나노・기이 등 초대형 함선 클래스도 참가하여 다채로운 프로그램과 경기가 이어지는 가운데, 그들에게 또 하나의 새로운 위기가 닥쳐온다……!