헤이스 오슬로 사건 이후, 미·일 합동 대테러 조직인 CIRS의 존재가 세상에 알려지게 되었다. CIRS는 완전히 새롭게 재편되었고, 그중에서도 가장 은밀한 기능들은 새로운 기관, 즉 SORD(Social Ops, Research & Development)로 이관되었다. SORD의 목적은 미래의 위협에 대비해 새로운 세대의 요원들을 양성하는 것이다. 이를 위해 일본 각지에 여러 훈련 학교가 세워졌다. 한때 갑작스러운 폐교로 방치되어 있던 미하마 학원 역시, 이제는 그중 하나의 ‘특수 훈련 학교’로서 새로운 목적을 부여받는다. 새로운 미하마 학원에는 개성 넘치고 다양한 학생들이 모여들었다. 그들은 매일 자신만의 특별한 능력을 갈고닦으며, 때로는 실제 임무에 투입되기도 한다. 그리고 이제 미하마는, 이 ‘문제아’ 소녀들에게 총과 실탄을 쥐여주며 자신들의 안전 따위는 아랑곳하지 않고, 나라의 안녕을 위해 위험한 비공식 임무 속으로 거듭 밀어 넣는다.