5000년 전, 세상을 암흑에 물들이려는 견습신관 아누비스는 오래 전 자신의 세계종말계획을 방해한 어둠의 유희에게 복수를 결심하고 이를 위해 승부욕에 눈 먼 카이바를 이용, 유희와 위험한 대결을 하게 만든다. 이런 아누비스의 계략을 눈치채지 못한 카이바는, 페가수스에게서 얻어낸 카드를 가지고 유희에게 정면대결을 신청한다. 카이바의 배틀돔에서 마주선 어둠의 유희는 본능적으로 무언가 이상한 기운을 눈치채지만, 승부에 집착하는 카이바의 강요에 못 이겨 대결에 임하게 되는데...