화성에 설립된 일본의 새로운 행정 구역 중 하나, “제4도쿄도”. 이 도시의 경제 특구인 키리시나 시에는 항공우주 사업으로 명성이 자자한 초일류 기업, 키리시나 코퍼레이션이 있다. 이 기업은 다양한 사업 분야에 영향력을 넓히고 있으며, 키리시나 과학기술학원이라는 사립 학교도 운영 중이다. 이것만으로도 특별하지만, 이 학원 안에는 더욱 이채로운 교실이 존재한다. 낮에는 학원에서 평범한 학생으로서 공부하지만, 방과 후에는 기업의 사원으로서 출근하여 차세대 프로토 로켓 개발이라는 중대한 프로젝트에 참여하는 것. 이곳이 바로 키리시나 선행기술개발부 교육개발실, 통칭 **“A-TEC”**이다. 이 부서에서 어린 나이에 실장을 맡고 있는 **천재 엔지니어 ‘세라 카이토’**는, 학원에 재학 중인 A-TEC 학생들의 담당 교사. ‘열혈 로켓 선생님’이라 불리며 학생들에게 친근한 존재이다. 이야기는 A-TEC에 한 전학생이 전학 오면서 시작된다. 새로운 동료를 맞이하려는 A-TEC. 그러나 화성으로 향하던 중, 그 전학생이 납치되는 사건이 발생한다. 이 난국을 극복할 수 있는 건 자신들뿐이라 판단한 카이토. 그는 전대미문의 구출 작전에 나서게 되는데...