머나먼 미래, 아득한 은하의 끝. 「인류은하동맹」이라는 큰 세력을 지닌 인류는 이형의 괴생명체 히디어즈와의 종의 생존을 건 싸움을 계속하고 있었다. 치열한 전투의 현장, 소년병 레도는 탑승기 인간형 기동병기 체임버와 함께 시공의 왜곡으로 삼켜지게 된다. 인공 수면에서 깨어난 레도는 잊혀졌던 변경의 행성 지구로 표류하게 된 것을 알게 된다. 표면의 대부분이 바다로 뒤덮인 지구에서 사람들은 거대한 선단을 이루어 옛 문명의 유물을 해저에서 인양하여 조심스럽고, 활기차게 살아가고 있었다. 이곳은 그러한 선단의 하나인 가르간티아. 말도 통하지 않고, 문화도 습관도 다른 미지의 환경에 당황한 레도. 어쩔 수 없이, 소녀 에이미와 가르간티아의 사람들과 공생을 모색하지만, 그것은 싸우는 것 이외의 삶을 모르는 레도에게 놀라움으로 가득 찬 날들의 시작이었다.
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