이전의 사건을 무사히 해결하고 역사개변을 막아낸 배트맨 일행. 그러나 돌아온 그 다음 날, 다시금 이변이 발생한다. 지구에서 일본 열도 그 자체가 사라졌고, **‘야쿠자 폭풍’**이라는 이상 현상이 발생하고 있었다. 게다가 저스티스 리그의 건물과 중요 인물들까지 사라진 상태. 다른 세계로 온 것인가 의심하지만, 멀티버스 파동 조사 결과, 현재의 세계는 엄연히 자신들의 원래 세계. 역사개변이 다시 일어났다고 판단한 배트맨 일행은 의심스러운 야쿠자 폭풍을 조사하러 나서는데…