신을 죽이는 신살의 화살에 맞은 여신 아테나에게, 서서히 죽음이 다가온다. 그 화살을 뽑을 수 있는 자는 성역(산크추어리)의 정상에 있는 교황 단 한 사람뿐. 여신 아테나를 구하기 위해 세이야를 비롯한 다섯 명의 **청동 성투사(세인트)**는 **12궁(황도 12궁)**을 12시간 이내에 돌파하고, 성역 정상에 있는 교황의 방을 향해 나아간다. 하지만 12궁은 각각 **궁극의 황금 성투사(골드 세인트)**들에 의해 수호되고 있어 그들의 앞길을 가로막는다. **성역의 화시계(불시계)**가 **사오리(아테나)**에게 남은 시간을 하나씩 새겨가는 가운데, 세이야 일행 청동 성투사들은 측량할 수 없을 정도로 강대한 적들과 치열한 싸움을 벌이며, 성역을 뒤덮은 불길한 어둠의 정체에 다가서게 된다.