인류의 첫 대규모 우주 전쟁이었던 지구 연방 정부와 지온 공국 간의 싸움의 마지막 1년은 모빌 슈트라고 불리는 인간형 기동 병기를 실전에서 활용하는 테스트 기간과도 같았다. 그 후 10년이 지나고 U.C 0087년, 지구의 사람들과 우주의 스페이스 콜로니에 거주하는 사람들 간의 대립은 계속되고 이 둘 간의 간극은 좀처럼 메꿔지지 못하고 있었다. 한편 스페이스 콜로니 그린노아2에 거주하는 카미유 비단은 뭐든 잘하는 평범한 17살 소년이다. 그러나 어느 날 카미유는 연방군의 엘리트 조직 티탄즈의 멤버 중 한 명과 싸움을 벌이게 되고, 그 후 헌병대에 끌려간다. 그 일로 인해 연방군 군인들에 대한 반발심을 가지게 된 카미유는 신형 모빌슈트 건담 Mk-II를 탈취하여, 반(反) 지구연방 '에우고(A.E.U.G)'에 가담한다. 한편 건담을 빼앗긴 티탄즈는 교섭을 가장해서 카미유의 부모님들을 인질로 삼는 인질극을 벌이게 되고, 결국 카미유는 두 부모님을 모두 잃어버리게 된다. 그러나 죽음에 슬퍼할 여유도 없이 카미유는 에우고의 작전에 참가하게 되고, 그 작전에서 카미유는 전설 그 자체인 인물과 만나게 되는데........